Po dvojročnom váhaní, chybách v riadení i slabšej hre nekvalitného kádra sa opäť zablýskalo na lepšie časy zásluhou SPP a jeho šéfa J. Duckého, ktorý sa stal predsedom Slovana. Ten sa dostal do hráčskej aj finančnej krízy a nové vedenie hodilo záchranný účinný pás. Zmenil sa výbor, ale aj tréner bol nový. Z Trenčína vtedy prišiel mladý, 37-ročný bývalý reprezentant, hráč Žiliny, Sparty, Dukly Praha, Feyenoordu Rotterdam i Rapidu Viedeň, Stanislav Griga. Účastník MS 1990 v Taliansku, útočne naladený odvážny muž, ktorý mal byť i bol zárukou napredovania. Pravdou je však aj to, že od vedenia dostal do vienka sedem nových a nie hocijakých hráčov, medzi nimi štyroch reprezentantov:S. Vargu, Milana Timka, J. Majoroša i T. Jančulu. V priebehu jesene si vybojovali štátny dres aj R. Hrnčár a M. Kriss. Bojoval oň aj R. Škrteľ. Všetci, s výnimkou obrancu S. Vargu, sa v jeseni postavili aj na čelo streleckej tabuľky, čo bolo dôležité. Všeobecné konštatovanie bolo, že posily sú kvalitné a oživenie mužstva sa rýchlo podarilo. Pribudlo divákov (priemer 5 318), hra sa páčila a v prvej polovici nestratilo mužstvo ani bod. Po štyroch remízach a jednej prehre vonku (v Trenčíne) bol Slovan „až“ tretí s bilanciou: 15 10 4 1 29:9 34. Mužstvo však v poslednom zápase jesene viedlo v Trnave ešte päť minút pred koncom 1:0 a iba gól z nepozornosti v obrane odvial jesenné prvenstvo. Ukazovalo sa, že Slovan je v starých dobrých koľajach a na každom úseku všetko konečne funguje tak, ako má. To je hlavný predpoklad na dobré výkony a radosť na tribúnach. S. Griga mohol vo svojich plánoch nerušene pokračovať.
Slovan udával tón v reprezentácii aj v lige, hral modernejšie a efektívnejšie než súperi. Nebolo sa treba tomu čudovať, veď z minulého ročníka ostali v základe iba König, Pecko, Tomaschek a Hornyák. Bolo to teda úplne iné mužstvo, ktoré dobre fi nišovalo a prehralo iba raz, keď už malo titul vo vrecku – s Trnavou 0:1. Pozoruhodný je nízky počet obdržaných gólov v ročníku, iba 11. Bilancia: 30 21 7 2 56:11 70. Inter, ktorý bol do 20. kola na čele, zaostal iba o bod, Trnava o šesť. Slovan mal v tomto ročníku priam ideálne profesionálne podmienky. Káder hráčov (25): M. König 30, M. Bernady 1 – J. Majoroš, L. Pecko 30, Zs. Hornyák, N. Hrnčár, M. Timko 29, S. Varga, R. Tomaschek 28, M. Kriss 25, P. Sedlák 24, Ľ. Meszároš 20, T. Jančula 17, M. Fabuľa 15, M. Soboňa 12, S. Borisenko 19, R. Škrteľ 9, R. Höger 8, M. Jančula 7, R. Novák 5, J. Mužlay, T. Medveď, A. Keresztúri 3, J. Antalovič, M. Hollý 2. Strelci: T. Jančula, J. Majoroš, N. Hrnčár po 9, Meszároš 6, M. Timko, Tomaschek, Varga po 3, Kriss, Škrteľ, Sedlák po 2, Höger, M. Jančula, Mužlay, Pecko, Hornyák, Borisenko po 1. Dva boli vlastné. Trénerovi S. Grigovi asistovali Ján Švehlík a Kamil Susko.
Do vitríny jubilejný 10. pohár
V Slovenskom pohári Slovan v prvom kole vyradil PFK Piešťany vonku 5:1, v druhom HFC Humenné 3:0, vo štvrťfi nále Tauris Rim. Sobotu 1:0, vo štvrťfi nále Spartak Trnava 1:1 a 2:1. Finále sa hralo v Žiari nad Hronom ako Pohár Zlatého bažanta. Slovan nastúpil proti Dukle Banská Bystrica, zvíťazil 3:0 a prebral pohár desiaty raz. Hralo sa 8. mája 1999 pred 10 308 divákmi. Slovan: König – Pecko, Varga, Timko, Soboňa – N. Hrnčár, Meszároš, Tomaschek, Fabuľa – Borisenko (Kriss), J. Majoroš. Góly: Meszároš 2, Kriss. Tréner S. Griga. Keďže Slovan vyhral aj ligu, Matičný pohár sa nehral. V júli a auguste 1999 Slovan bojoval aj v predkole Ligy majstrov. V prvom zápase Anorthosis Famagusta vyhral doma pred 6 200 divákmi 2:1, keď dal náš gól R. Hrnčár.Pred odvetou to bolo nádejné, ale pre klub i fanúšikov prišlo obrovské sklamanie. Cyperský klub hral na Tehelnom poli 1:1 pred 10 977 divákmi a Slovan vypadol napriek tomu, že hral od 58. min. proti desiatim hráčom. Gól dal J. Timko, ale bol rozlúčkový. Do jedenástky roka sa dostal v Ružomberku zo Slovana iba S. Varga. V ankete o najlepšieho futbalistu skončil König siedmy a S. Varga ôsmy. Titul majsteriek Slovenska získali pod vedením Š. Tarkoviča aj ženy Slovana pred Olympiou Košice, VIX Žilina a FK Čadca. Vo fi nálovej časti neprehrali ani jeden zápas. Dorastenci Slovana obsadili druhé miesto za Tatranom Prešov. Vitt ek a Fodrek však boli dlhšie zranení a ich góly chýbali.