V roku 2006 sa hlavné úlohy, finančné a materiálne starosti síce vyriešili, naďalej však bolo treba hľadať schopných investorov a reklamných partnerov. Slovanu sa to nedarilo už dva roky, hoci v iných kluboch, v Artmedii, Žiline, Dukle B. Bystrica, Ružomberku, ba aj v Púchove to dokázali. Predsa len, aj na Tehelné pole zasvietilo trochu slniečko. Prišiel totiž serióznejší záujemca o Slovan a dianie v ňom. Samozrejme, domáci, Ľudovít Černák, ktorý sa stal prezidentom a o funkciu nižšie bol jeho syn rovnakého mena i titulu. Športovým riaditeľom sa stal J. Švehlík, tajomníkom R. Janček.

Bolo cítiť i vidieť, že sa začala seriózna práca. Nebolo však možné spoliehať sa iba na Černákovcov. Preto sa hľadali aj ďalší partneri, ktorí by mohli Slovan potiahnuť vyššie. Z mesta, SFZ i odinakiaľ. Vedenie hlásilo: Potrebujeme peniaze i schopných ľudí, ale viacerých sme už našli. Klub je z krízy von. Ľ. Černák st. to vysvetľoval takto: „Za päť rokov pred Slovanom som dal na inom úseku dohromady tím, ktorý má schopnosti v rekonštruovaní. Skúsime vedomosti uplatňovať aj teraz vo futbale. Tento obchod sme uzavreli v poslednej chvíli, ale aj tak verím v jeho úspešnú cestu, hoci je pred nami ešte dosť problémov.“ V plánoch bola stále výstavba štadióna, ale zároveň aj skvalitňovanie futbalového kádra. Za ekonomiku začalo zodpovedať predstavenstvo a dozorná rada. Ukázalo sa, že Slovan nemal päť rokov generálneho sponzora. Vedenie teraz sľúbilo, že ho nájde a nesklamalo.

Slovan sa z najhoršieho dostal. Pokiaľ išlo o káder, trénerom bol Š. Zaťko, asistentmi B. Kitka a J. Kakaš. Oznámili, že do kádra prišli J. Chlebek z Budějovíc, M. Ševela z Drnovíc, R. Tomovčík z Michaloviec, P. Hanták z Artmedie, A. Kaniš z Interu, R. Urgela z B. Bystrice, T. Mojský z Rakúska, J. Rák a F. Viskup z Nitry. Odchádzali M. Demeter, P. Volf, R. Jurko, I. Pecha, S. Nikič, T. Brezinský, R. Opršal. Teda veľký prievan, čo len svedčilo o intenzívnej práci vedenia a trénerov. Slabší, ktorí nestačili zvýšeným nárokom, odchádzali, silnejší mali úroveň hry pozdvihnúť. Na súpiske sa takto objavili: Prole, Kaniš, Kiss – Polgár, Ševela, Suchý, Urgela, Vuksanovič, Janek – Tomovčík, Obšitník, Kalman, Poliaček, Hanták, Ducký, Chlebek, Mojský, Sladojevič, Kosmeľ, Viskup, Hesek, Habai, T. Sloboda, Otočka. Výsledky a hra však boli slabé, nespokojnosť trvala, a tak prípravu na jar začal robiť tréner J. Jankech, ktorý už v Slovane pôsobil v rokoch 1988 – 1990. Mal odísť na Maldivy, ale v ostatnej chvíli sa dohodol s prezidentom klubu Ľ. Černákom. Za asistenta si vybral Š. Horného, keď túto funkciu B. Kitka odmietol. Slovan skončil v jeseni na druhom mieste, iba dva body za vedúcimi Košicami. Jankech bol preto optimista: „Ako vidíte, strata nie je veľká, postupujú traja, preto si myslím, že na postup máme šancu. Do kádra príde zopár hráčov a musíme urobiť úspešnú zostavu.“ V jesenných hodnoteniach sa objavovalo, že Košice mali kvalitnejší káder a aj lepšie podmienky. Od Slovana čakali komentátori lepšie výkony. S jesenným prejavom by v Corgoň lige, a tým skôr v európskych súťažiach, neobstál. Bilancia bola takáto: 17 11 4 2 27:17 37. Dalo by sa povedať iba priemerná, veď išlo o druhú ligu.

Tlačová konferencia pred jaru 2006 sa niesla v optimistickom duchu. Prišli prezident i viceprezident Černákovci, gen. riaditeľ J. Švehlík, tréner J. Jankech a hráči: kapitán P. Polgár so spoluhráčmi S. Slovákom a M. Ševelom. Tón udalo heslo: Slovan sa vracia! A to vo všetkých smeroch, od vedenia až po výkony hráčov. Cieľ: vybojovať postup a následne vybudovať európske mužstvo. Zmeny v kádri neboli veľké ani podstatné, ak si odmyslíme príchod S. Slováka z Norimbergu. Už aj príprava naznačovala pokrok. Sedemnásť zápasov a iba tri remízy, bez prehry. A skutočne, zlepšila sa hra, pribúdali diváci i spokojnosť. Ako prvé si postup zabezpečili Košice už po 25. kole. Slovan ich nasledoval o kolo neskôr. V 30. kole hralo mužstvo s Nitrou B a podľa očakávaniazvíťazilo pod Zoborom pred 1 150 divákmi 4:1. Zostava je pamätná a verme, že navždy jej ostane prívlastok prvoligová: Kiss – Janek, Chlebek, (Ševela), Polgár, Urgela – Kosmeľ, Struhár, Slovák, Sloboda (Viskup) – Otočka (Poliaček), Masaryk. Slovan skončil na 2. mieste za Košicami (73 b.) a pred Sencom (60 b.) s bilanciou: 30 19 6 5 47:25 63. Bola to – systémom – v tomto ročníku čudná súťaž. Traja postupovali do rozširujúcej sa 12-člennej ligy a šesť mužstiev vypadlo: Humenné, Dun. Streda, Lipany, Trnava B, Báč, Nitra B. Športový riaditeľ J. Švehlík hodnotil postup takto: „Nie som milovník veľkých sľubov ani veľkých slov. Preto som bol pred začiatkom opatrný s tz v. istým postupom. Raz už bola strata na postupové miesto štvorbodová a to bolo varujúce. Hra nebola vzorová, skóre stále skôr slabšie než výborné, gólov málo a premieňaniešancí iba priemerné. Nie sme ešte veľké mužstvo, budeme sa potrebovať posilniť. V závere súťaže sa však všetko obrátilo k lepšiemu, prišla séria bez prehry. Ukázalo sa, že ťah s trénerom J. Jankechom bol dobrý, podmienkami sa pomaly vyrovnávame s najvyššou súťažou a ostatnými súpermi. Verím, že stále budeme napredovať.“ O postup sa v jarných zápasoch zaslúžili: V. Prole, D. Kiss, A. Kamiš – I. Janek, M. Dobrotka, M. Ševela, P. Polgár, R. Urgela, J. Nemček – D. Kosmeľ, J. Chlebek, P. Sedlák, T. Mojský, M. Poliaček, M. Ducký, P. Struhár, F. Viskup, M. Vyskočil – T. Sloboda, M. Otočka, P. Masaryk, S. Slovák. Trénermi boli J. Jankech a B. Kitka, asistenti A. Kakaš, Š. Horný a A. Vencel. Najlepším strelcom mužstva bol P. Masaryk s 11 gólmi. V Slovenskom pohári 2006 Slovan veľa opäť nedokázal. V prvom kole mu žreb prisúdil Matador Púchov a naše mužstvo s ním neuspelo. Doma hralo iba 0:0 a na jedenástky prehralo 5:6, čím postupovali hostia. Po účinkovaní  v II. lige sa nedalo pomýšľať na nijaké vystúpenie v medzinárodných pohároch. V desiatke najlepších slovenských hráčov sa neobjavil v tomto roku nikto, rovnako ani v jedenástke roka, ktorú vyhlasovali v Ružomberku.