Sezóna 2019/2020 začala okrem letnej prípravy aj žrebom 1. predkola Ligy majstrov, ktorý prisúdil Slovanu majstra Čiernej Hory Sutjesku Nikšič. Prvý zápas na Tehelnom poli skončil nerozhodne 1:1 a jediný gól Slovana strelil Andraž Šporar. Odveta v Čiernej Hore však nedopadla pre Slovan dobre. Po remíze 1:1 (gól Slovana strelil opäť Šporar) nasledovalo  predĺženie a následne penaltový rozstrel, v ktorom boli úspešnejší futbalisti z Čiernej Hory a ukončili tak belasým sen o Lige majstrov. Vedenie ŠK Slovan Bratislava začalo po nečakanom sklamaní konať a z funkcie hlavného trénera odvolalo Martina Ševelu. Vedením prvého tímu bol poverený dovtedajší asistent trénera, Srb Vladimir Radenkovič.

Žreb 2. predkola Európskej ligy (EL) postavil Slovanu do cesty klub KF Feronikeli z Kosova, čo spôsobilo belasým ďalšie nečakané problémy. Hráči Aleksandar Čavrič, Dejan Dražič i tréner Vladimir Radenkovič totiž rešpektovali výzvu srbskej vlády a odmietli nastúpiť na zápasy proti kosovskému majstrovi. Vedením tímu tak bol poverený tréner belasej juniorky Ján Kozák ml. Oslabený Slovan zvládol neľahkú situáciu a vyhral prvý zápas na domácom ihrisku 2:1 a taktiež aj odvetu v Prištine v pomere 2:0. Vladimir Radenkovič definitívne skončil na trénerskej lavičke a Ján Kozák ml. sa stal hlavným trénerom mužstva.

V 3. predkole EL zdolali slovanisti írsky klub Dundalk FC (1:0 doma a 3:1 vonku), čo im zabezpečilo atraktívny barážový duel o postup do skupinovej fázy EL s gréckym PAOK Solún. V prvom zápase play-off vyhral Slovan na Tehelnom poli 1:0 a v dramatickej odvete na horúcej gréckej pôde síce prehral s PAOK tesne 2:3, no napriek tomu si zaistili účasť v skupinovej časti Európskej Ligy. Bratislava (a s ňou i celé Slovensko) sa mohla tešiť na skupinovú fázu EL. Žiaľ, prišli tresty, ktoré vyniesla UEFA za správanie fanúšikov na tribúnach Tehelného poľa proti Sutjeske a Feronikeli. Prvý zápas v skupinovej fáze EL proti tureckému Besiktasu sa musel odohrať na Tehelnom poli bez divákov. Slovan ale využil reglement UEFA a na tribúny prišlo 6000 detí vo veku do 14 rokov zo základných škôl a futbalových klubov na celom Slovensku. Samotný zápas mal dramatický priebeh a Slovan nakoniec zvíťazil nad Besiktasom 4:2, keď nezadržateľný Andraž Šporar strelil dva góly.

Belasí uhrali výborný výsledok aj v portugalskej Brage ( remíza 2:2), keď dvakrát zmazali manko silného súpera. Bohužiaľ, ďalší zápas  proti Wolverhamptonu Wanderers musel Slovan odohrať opäť bez divákov, keďže UEFA znovu potrestala belasý klub za pokriky fanúšikov v stretnutí s PAOK. Aj tentokrát zavítali na Tehelné pole deti, ale v podstatne vyššom počte. Na tribúny ich prišlo neuveriteľných 19 300 a vytvorili úžasnú atmosféru. Napriek prehre 1:2 vyprevadili belasých hráčov potleskom.

Ani vo Wolverhamptone sa belasým nepodarilo bodovať a prehrali 0:1. Podobne tesná prehra prišla aj v Istanbule, kde miestnemu Besiktasu podľahol Slovan 1:2. V poslednom zápase skupinovej fázy EL nastúpili naši hráči v domácom prostredí na Tehelnom poli proti Brage. V napínavom súboji síce podľahol kvalitnému portugalskému mužstvu 2:4, ale Slovan svojimi výkonmi nesklamal a obsadil v skupine EL za Bragou a Wolverhamptonom 3. miesto. Tak v európskych pohároch, ako aj v domácej súťaži preukazoval skvelé výkony i strelecké schopnosti útočník Andraž Šporar, ktorý nakoniec prestúpil do Sportingu Lisabon. Do kádra však prišiel ďalší vynikajúci futbalista Vladimír Weiss ml.

Na začiatku marca naplno zasiahla celý svet, a teda aj futbal, epidémia COVID-19. Celá futbalová obec musela prijať rozhodnutie Ústredného výboru krízového štábu SR o zrušení všetkých športových podujatí na neurčený termín. Fanúšikovia Slovana prišli počas epidémie s iniciatívou pomoci starším ľuďom a ponúkli Bratislave pomocnú ruku, najmä v súvislosti s dovozom potravín domov pre starších ľudí. Dňa 21.3.2020 Prezídium ÚLK rozhodlo v on-line hlasovaní o odklade začiatku nadstavbovej časti Fortuna ligy. Nikto vtedy netušil, že nadstavba sa začne hrať až v polovici júla a odohrá sa jednokolovým spôsobom (5 kôl). Slovan ako líder tabuľky nemal v nadstavbe vážnejší problém, v druhom nadstavbovom kole zvíťazil v Žiline 3:2, a tak s predstihom získal majstrovský titul. Slovan Bratislava zvíťazil tiež vo finále Slovnaft Cup-u nad Ružomberkom 1:0, keď rozhodujúci presný zásah strelil Alen Ožbolt. Belasý klub z Tehelného poľa si tak v sezóne 2019/2020 pripísal cenné double.